中心全流程跟进社会组织发展扶持专项资金资助项目运作包括组织专家就社会团体及社会服务机构（民办非企业）的申报项目展开评审，论证项目的必要性、可行性及设计合理性；针对不同项目类型，研发包括直接服务类、研究类、平台类等多套评估指标，开展中期和末期评估，为项目规范运作提供操作化建议；撰写综合性报告，总结社会组织借由项目实施在参与社会治理和公共服务提供方面的积极作用，梳理社会组织开展项目过程中遇到的问题和困难，并向政府反映组织诉求，为政策完善提供建议。